鸵鸟作为鸟类，具有生殖器官。雄性鸵鸟有一对睾丸，位于腹腔内、肾上腺的后边、肾脏前部两叶的腹侧，卵圆形，色深褐，产生精子，分泌睾丸酮等雄性激素。睾丸的体积和重量因年龄和性活动期的不同而不同，尤其是在繁殖季节，轴径可以增大到10厘米，繁殖季节末，缩回到原来的体积。

其外生殖器阴茎是雄性的交配器官，位于泄殖腔的肛窝处，非洲鸵鸟的阴茎圆、切面呈三角形，粉红色，可长达40厘米，由纤维弹性组织和淋巴腔构成，输精沟位于阴茎背侧，输精沟在交配时闭合成管状，经它将精液射入母鸵鸟的阴道内。

母鸵鸟的生殖系统由卵巢和输卵管构成，在成熟的个体，仅左侧的卵巢和输卵管发育正常，右侧卵巢在早期个体发生过程中，停止发育并逐渐退化。