蓝鲸和座头鲸有诸多区别，从体型上看，蓝鲸是地球上现存最大的动物，体长可达30米左右，体重可达170吨以上。而座头鲸体型相对小很多，体长一般在13-15米左右，体重约25-30吨。

在外观方面，蓝鲸身体呈流线型，颜色主要是青灰色，背部有淡色的斑纹。座头鲸的身体较宽厚，有一对很长的胸鳍，约占身体长度的三分之一，它的体表黑白相间。它们的食物偏好也有差异，蓝鲸主要以磷虾等小型甲壳类动物为食，座头鲸则主要吃小鱼和磷虾，而且座头鲸进食方式比较独特，会用气泡网捕食。