兽用阿米卡星注射用量，肌注鸡10－30毫克 /千克体重。鸭20－40毫克 /千克体重。混饮100毫克 /千克水。混饲150－250毫克 /千克饲料。阿米卡星不宜用于单纯性尿路感染初治病例，除非致病菌对其他毒性较低的抗菌药均不敏感。

阿米卡星临床主要用于对庆大霉素，卡那霉素耐药的革兰阴性杆菌如大肠杆菌、变形杆菌和绿脓杆菌引起的各种感染。大部分氨基糖苷类纯化酶稳定，故适用于治疗革兰阴性杆菌中卡那霉素、庆大霉素或妥布霉素耐药菌株，尤其如普鲁威登菌属、粘质沙雷菌和绿脓杆菌所致感染。