头孢噻呋钠和盐酸头孢噻呋是两种不同的药物，主要区别有：

化学结构不同：头孢噻呋钠和盐酸头孢噻呋的化学结构有所不同，前者为头孢曲松钠成分，后者为头孢曲松盐酸盐成分。

使用范围不同：两者虽然属于同一类头孢菌素抗生素，但在兽医临床应用中，其适用范围有些许不同。头孢噻呋钠可用于治疗呼吸道、泌尿生殖系统、消化系统、皮肤软组织等感染性疾病，而盐酸头孢噻呋主要用于治疗猫狗的呼吸道和泌尿生殖系统感染病变。

药效不同：由于化学结构不同，两者的药效也稍有不同，因此具体使用时也需要严格遵守兽医师的建议，避免滥用或误用。