硝化菌的使用方法可以将活性污泥池或生物池之进水与出水关闭，并保持曝气状态，PH值调适到7.5~8.2之间较佳。pH值会影响水中分子性氨（NH3）与离子性铵（NH4+）的浓度平衡，其中只有分子态氨能用于硝化作用。换言之，硝化作用在中性或碱性环境远比在酸性环境中更能快速进行。此外，pH值会直接影响硝化酵素的活性，最适pH值约为7.5~8.2之间，依温度不同而有所差异。在用量上，一般是按1立方水投放1公斤的比例，将菌剂一次性全部均匀投入曝气池中，比例可以依污水情况适量增减，最适温度约在35~40℃之间。

建议将硝化菌密封贮存在干燥通风阴凉的地方，远离热源，产品保质期壹年。使用完的包装桶正常回收处理即可。