鱼用硝化菌可以用来减少水体中的氮化物，改善水质，有助于改善水体污染。使用时，可以将硝化菌溶解在水中，然后把它放在水里，让它自然生长，从而改善水体的水质。

许多硝化细菌的包装上写着可以混入饲料，其实将硝化细菌混入饲料中投喂并无什么特别效果。因为硝化细菌是作为水质改良剂使用的，对鱼的饵料消化和营养吸收并没有很大作用。而饲料中会经常添加一些生物菌如芽孢杆菌、酵母菌、乳酸菌等等，这些才具有帮助鱼的肠道进行消化吸收的作用，还可以抑制有害菌，预防肠炎、腹水等细菌性疾病，单纯的硝化细菌是没有此作用的。