盐酸二氟沙星主要用于防治犬和鸡的敏感菌感染，也可以治疗猪接触传染性胸膜肺炎、猪肺疫和猪气喘病等。常用于敏感细菌如大肠杆菌、绿脓杆菌、金黄色葡萄菌、变形杆菌、多杀性巴氏杆菌等引起的畜禽慢性呼吸道病、气管炎、肠炎、肺炎、禽霍乱、链球菌病、伤寒等疾病，尤其对鸡的大肠杆菌病、仔猪红、黄、白痢有特效。

它的药理是，类似其他氟喹诺酮类，为一浓度依赖性杀菌剂。对多种革兰氏阴性菌与革兰氏阳性杆菌和球菌以及支原体等均有良好抗菌活性，包括大多数克雷伯氏菌属、葡萄球菌属、大肠杆菌、肠杆菌属、弯曲杆菌属、志贺氏菌属医学，某些假单胞菌（绿脓杆菌)和大多数肠球菌对本品耐药。