研究对2020至2023年哥伦比亚两个地区临床发病马的马流感病毒做全基因组测序、系统发育和系统地理分析，qPCR确诊后用Oxford Nanopore测两株完整基因组。结果与美国近期H3N8流行株（密苏里、佛罗里达、俄亥俄等）核苷酸同源性超过90%，提示哥伦比亚流行株与美国H3N8株密切相关。

哥伦比亚马流感病毒全基因组进化分析

摘要。背景：2022年哥伦比亚爆发马流感（EI），主要影响比赛马；尽管马流感病毒（EIV）在该国流行病学上重要，此前尚无基于全基因组的系统发育和系统地理分析。目的：对2020至2023年哥伦比亚两个地区临床发病马的完整EIV基因组做系统发育和系统地理分析。研究设计：基于全基因组测序和进化分析的分子流行病学研究。方法：采集有EI症状马的鼻咽拭子，qPCR确诊，用Oxford Nanopore测两株完整EIV基因组，比对全球数据库参考序列做时间标定系统发育，估算最近共同祖先时间，分析各基因节段氨基酸替换。结果：两株完整基因组与美国流行株（包括A/equine/Missouri/1/2022、Florida/2/2022、Ohio/OH21-6023/2021等H3N8）核苷酸同源性超过90%。结论：哥伦比亚2020至2023年流行的EIV与美国近期H3N8株密切相关。