巴西龟若想分辨公母，主要通过外部特征进行辨别，如指甲、腹甲、肛门位置以及尾巴等部位。
首先，我们可以从它的尾巴来进行判断，尾巴细的是母的，尾巴粗的则是公的，我们从巴西龟尾巴的粗细程度可以直观地判断出公母。其次看腹甲的凹陷，母龟的背甲是比较短而宽的，而公龟的背甲则是比较长而窄的。母龟的腹甲中间是平坦没有凹陷的，而公龟的腹甲中间是稍微向内凹陷的。另外肛门位置也可区分，母巴西龟的排泄孔离腹甲后端的距离就更短更近，而公巴西龟的排泄孔离腹甲后端的距离就更远更长。
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