小绿毛龟的饮食以易消化的高蛋白食物为主，同时搭配适量植物性饵料，以满足其生长需求。人工饲养时，可选择幼龟专用粮，这类龟粮颗粒小、营养均衡，富含蛋白质和维生素，适合幼龟的消化系统。此外，可投喂剁碎的新鲜小鱼、小虾（需去壳去头），或煮熟的鸡蛋黄，这些食物蛋白质含量高，能促进小绿毛龟的生长。

植物性饵料方面，可喂食切碎的生菜叶、浮萍、水藻等，补充维生素和膳食纤维。喂食时需注意少量多次，每次投喂量以小绿毛龟 15 分钟内吃完为宜，避免剩食污染水质。水温较低时（如低于 20℃），小绿毛龟食欲会下降，可减少喂食频率或暂停喂食。