东部棉尾兔4个月就成年了，这个时候不宜马上进行交配，容易造成母兔早产和难产等。因此建议在6个月大以后进行配种。兔子没有固定的发情时间，一年四季均可交配繁殖，但应注意避开高温和低温的季节，以保证幼仔的成活。

东部棉尾兔交配期为每年二月至九月。雄兔会与多于一只雌兔交配。雌兔每年可生产二至四次，每次最多可产下九只兔崽。雌兔在地面以草与皮毛筑巢，并能于生效随即再次交配。兔崽长到三星期大就戒奶，七周后使可离巢，并于三月个月后再繁殖下一代。野生东部棉尾兔平均寿命只有2岁，人工饲养的寿命会更长。