鳄雀鳝的天敌和克星是水獭、鳄鱼、渔貂以及大型猛禽等,但在我国水域基本没有天敌。鳄雀鳝原产于北美洲地区,该地区水域中存在美洲鳄、短吻鳄以及水獭等数种攻击性很强的水下生物,它们对鳄雀鳝有着相当大的制约效果,导致生性凶猛、繁殖速度快的鳄雀鳝没能在南美洲大肆繁殖。
但是近几年我国多地水域陆续发现有鳄雀鳝的身影,因为缺乏天敌,它们对当地的生态环境造成了严重的破坏,并且还发生过伤人事件,所以在发现鳄雀鳝之后,往往需要进行人工捕杀。
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