食蚊鱼的繁殖方式为卵胎生，雄鱼的臀鳍前部是它的交配器，繁殖的时候会追逐雌鱼进行交配，一般卵在体内受精和孵化。它的繁殖时间很长，从每年的3月到11月都可以，一般每隔30-40天就会称一次，每年可以繁殖3-7次。

食蚊鱼的交配可以在夜间和日间进行，以白天为多，前需要经过一段激烈的追逐发情，雄鱼在3 ~ 11月底均保持有良好的、具有受精能力的精子，在任何时间均可交配，性腺发育不呈周期变化，而雌鱼则呈现周期性变化，但卵子发育成熟时，雌鱼不喜吃食而极速地上下窜游。雌鱼对雄鱼无明显的选择性，但如有两尾以上的雄鱼同时存在时，往往会出现互相残咬的现象，体力大小较弱的雄鱼甚至可能被咬死。雌鱼在没有食物的情况下，会吞食自己的仔鱼数小时内如果没有饵料，仔鱼会大半以上被雌鱼吃掉，所以养殖条件下，在仔鱼出生后，应该立即捞出置于单独的池塘或水族箱中饲养。