首先，适用对象有所不同。狗狗生理裤主要是为母狗生理期设计的，能有效防止经血外漏，保持环境清洁，还可避免公狗的骚扰。而纸尿裤则更为通用，不仅适用于母狗，公狗也能使用，同时还适合老年狗、病狗或行动不便的狗，帮助它们解决尿失禁或排便问题。

其次，设计特点有差异。生理裤通常采用布制或一次性尿不湿的样式，更注重舒适性和防护性，有的会在肛门处留有小洞，方便狗狗排便。纸尿裤的设计则侧重于吸收性和防漏性，其包裹性和固定性更强，能更好地适应狗狗的活动。

最后，外观方面也有区别。生理裤的颜色和图案可能会更加丰富一些，增加了一些美观性。纸尿裤的外观设计一般较为简洁，主要以实用性为主。