蝙蝠粪便可以用84 消毒液等消毒，按照一定的比例稀释后，可用于喷洒或擦拭蝙蝠粪便污染的区域。一般有效氯含量为 500 - 1000mg/L 的溶液即可，作用 30 分钟以上，能有效杀灭多种病原体。
或者用过氧乙酸，具有强氧化性，能快速杀灭细菌、病毒等。将其稀释成 0.2% - 0.5% 的溶液，用于喷雾消毒，作用 30 - 60 分钟，但使用时要注意其对金属有腐蚀性，对皮肤有刺激性。
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