果蝇的染色体组成具有独特的生物学特征。果蝇是二倍体生物，体细胞中含有8条染色体，可配成4对。其中3对为常染色体，在雌雄果蝇中形态、大小相同，结构相似，上面分布的基因是相同的或等位基因。另外一对为性染色体，雌果蝇为XX，雄果蝇为XY。果蝇的染色体组可表示为X、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ或Y、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ，其中Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ代表三对常染色体。

果蝇的性染色体中，X染色体长于Y染色体，且携带的基因数量和种类与Y染色体存在显著差异。这种染色体组成决定了果蝇的性别决定方式为XY型，即一条X染色体发育为雄性，两条X染色体发育为雌性。果蝇的染色体研究在遗传学领域具有重要地位，其染色体数目少、形态清晰，易于观察和分析，是研究基因连锁与交换、染色体结构变异等遗传学问题的理想材料。