果蝇染色体具有显著特点，成为遗传学研究的经典模式。其染色体数目较少，二倍体果蝇体细胞含8条染色体（2n=8），包括3对常染色体和1对性染色体（雌性XX、雄性XY）。这种低染色体数目使遗传分析更为直观，便于观察染色体变异现象。染色体形态特征突出，如唾腺细胞中的多线染色体，通过多次DNA复制形成上千条染色质纤维平行排列，形成宽约5μm、长达2000μm的巨大结构，其DNA含量是体细胞染色体的100-200倍。

这些多线染色体经染色后呈现深浅交替的横纹，每条染色体可形成1000-4000根染色体丝拷贝，横纹数目和位置具有物种特异性，是识别染色体结构变异（如缺失、重复、倒位）的重要标记。此外，果蝇染色体中存在异染色质与常染色质的显著差异，约2/3基因组为解凝状态的常染色质，含大量单拷贝DNA和编码序列，而异染色质主要集中于着丝粒和端粒区域，参与染色体结构稳定和基因表达调控。