柑橘果蝇的防治可以采取以下综合措施。农业防治方面，及时清除果园内的落果、烂果，并集中深埋或销毁，减少果蝇的滋生地。同时，合理修剪果树，改善果园通风透光条件，降低果园湿度。物理防治可在果园悬挂糖醋液诱捕果蝇成虫，糖醋液可用糖、醋、酒、水按一定比例混合配制。

也可以使用黄色粘虫板，利用果蝇对颜色的趋性进行诱捕。化学防治可在果蝇成虫羽化盛期，选用高效、低毒、低残留的农药进行喷雾，如氯虫・高氯氟等，但要注意农药的使用安全间隔期，避免果实农药残留超标。生物防治方面，可以释放果蝇的天敌，如寄生蜂等，以控制果蝇的种群数量。