河蚌的呼吸器官是鳃，河蚌在外套腔内蚌体两侧各具两片状的瓣鳃，外瓣鳃短于内瓣鳃。

每个瓣鳃由内外二鳃小瓣构成，表面有纤毛，各鳃丝间有横向排列的丝间隔相连，鳃丝和丝间隔之间的小孔称鳃。二鳃小瓣间有瓣间隔，将鳃小瓣间的鳃腔分隔成许多小管称为鳃水管。丝间隔与瓣间隔内均有血管分布，鳃丝内也有血管及起支持作用的几个质棍。

由于鳃及外套膜上纤毛摆动，引起水流，水由入水孔进入外套腔，经鳃水孔到鳃水管内，沿水管上行达鳃上腔，向后流动，经出水管排出体外。水经过鳃时，即进行气体交换，完成呼吸作用。