河豚分布广泛，既存在于海里，也有部分生活在河里。根据种类不同，它们的栖息环境有所差异。

一些河豚种类是海洋性鱼类，主要生活在热带和温带海域。例如，黄鳍东方鲀主要栖息在海洋中，在近海的泥沙底质区域活动。它们适应了海洋的咸水环境，具有一些特殊的生理结构来调节体内的盐分平衡。

还有一些河豚种类具有洄游习性，它们在繁殖季节会从海里游到江河入海口或河流中产卵。如暗纹东方鲀，平时生活在海里，但在春季会溯河而上，进入长江等河流进行繁殖。幼鱼在淡水中生长一段时间后，再回到海里生活。