河豚毒素主要存在于河豚的卵巢、肝脏、肾脏、眼睛、血液等部位。处理河豚毒素需要专业的知识和技能。专业厨师在处理时，首先会小心去除河豚的内脏等含毒部位，确保不破损，防止毒素污染其他部位。

然后用清水反复冲洗鱼体，去除残留的血液和可能附着的毒素。接着，会将河豚用特定的方法腌制或浸泡，比如用盐水浸泡一段时间，以进一步降低毒素含量。最后，通过高温烹饪，如煮、炖、煎、炸等方式，使毒素在一定程度上被破坏。但即使经过处理，也不能完全保证河豚无毒，所以食用河豚仍需谨慎。