鲸鱼的运输是一项高风险、高成本的工程，通常仅在科研、救助或非法捕捞后被迫进行。以下是主要运输方法：

起重机吊运：将鲸鱼从水中吊起，转移至特制运输箱或担架。此过程需使用湿润布料覆盖鲸鱼皮肤，防止脱水或晒伤。

陆路运输：短距离运输使用重型卡车，运输箱内需保持湿润并定期喷水。鲸鱼需被固定以减少晃动，但需避免压迫内脏。

空运：长距离运输可能采用货运飞机，但需严格控制温度、湿度和氧气供应。运输过程中需持续监测鲸鱼的呼吸、心率等生命体征。

半干式运输：对于须鲸等大型鲸类，运输箱内仅保留少量水，防止皮肤干燥，同时减轻重量。此方法需谨慎操作，避免鲸鱼窒息或内脏受损。

伦理争议：鲸鱼运输常引发动物福利争议。许多鲸鱼在运输过程中因应激、脱水或窒息死亡，且被捕获的鲸鱼（如虎鲸）在海洋馆中常出现行为异常和寿命缩短现象。