将水熊虫暴露在高温环境中，如沸水中煮沸很长一段时间，可以破坏其荚膜并杀死它们。使用蒸汽或明火等高温措施也可以将水熊虫杀死。

尽管水熊虫对低温有很强的耐受性，但在极低温度下（如液氮温度）长时间暴露也可能导致其死亡。不过，这种方法在实际操作中较为困难，且需要特殊设备。水熊虫在干燥环境中会进入一种称为“干眠”的状态，但其身体内的水分并未完全丧失。如果长时间保持这种干燥状态，理论上可以杀死水熊虫。然而，这种方法需要极长的时间，且效果并不绝对。