果蝇体型较小，通常呈椭圆形。它们的身体分为头、胸、腹三部分。头部有一对大大的红色复眼，占头部的大部分面积，使它们具有较好的视觉。触角短而细。胸部有三对足，用于爬行，还有一对透明的翅膀，翅膀上有清晰的脉络。果蝇的身体颜色多样，常见的有淡黄色、褐色等，腹部有黑色的条纹。果蝇的个体大小一般在 2 - 4 毫米左右，非常小巧，不仔细观察很容易被忽略。其外观特征使其能够适应在各种腐烂的水果和发酵物周围生活。