果蝇的基因数量约为13000个‌。果蝇的基因组大小为138 Mb(兆碱基对)，包含约13000个基因，其中约61%的基因在人类基因组中有类似的同源基因‌。这些基因在果蝇和人类中具有较高的保守性，这使得果蝇成为研究人类疾病和生物学过程的理想模型。

果蝇的基因组结构包括3条常染色体和2条性染色体（X和Y），共5条染色体的DNA序列。这种结构特点使得在研究时只需测序其中一条常染色体和两条性染色体即可覆盖绝大多数基因序列，大大简化了研究工作。