蓝莓果蝇的防治需结合农业措施与生物防治技术。在农业措施上，需提前10-15天采收成熟果实，避免果实过熟吸引果蝇；及时清理园内落果与烂果，集中深埋或焚烧；在果实转色期，铺设银色反光地膜，通过驱避作用减少果蝇产卵。生物防治方面，可释放金小蜂等寄生蜂，其幼虫会寄生在果蝇卵内，抑制孵化率。

在园内间隔20米悬挂黄色粘虫板，高度1.5米，可诱捕大量成虫；利用果蝇趋光性，安装频振式杀虫灯，每晚开启至凌晨，降低成虫数量。此外，在果实膨大期，可喷洒白僵菌或绿僵菌等生物制剂，通过感染果蝇幼虫实现长效控制。