如果是通常所说的肉质鲜美但有剧毒的河豚（鱼类），那么它是用鳃呼吸的。这种河豚生活在水中，为暖温带及热带近海底层鱼类，栖息于海洋的中、下层，有少数种类进入淡水江河中。它们用鳃呼吸，用鳍游泳，这是鱼类的典型特征。

如果是河豚科的水生哺乳动物，则它是用肺呼吸的。这种河豚是比较原始的鲸类，体型似鱼，但实际上是哺乳动物。它们每次呼吸时，头顶及呼吸孔会先浮出水面，接着露出背部和低三角形的背鳍，出水呼吸时间约1~2秒钟，然后潜入水中，每隔一两分钟就要露出水面换一次气。