抹香鲸的内脏结构复杂且独特，适应了其深海生活的需求。其心脏非常巨大，相当于一个成年人蹲下时的体积，能够为庞大的身躯提供充足的血液循环。肺作为哺乳动物的重要呼吸器官，支持抹香鲸每隔一段时间浮出水面进行呼吸。抹香鲸的肾脏尤为特殊，长达一米半，由无数像葡萄大小的小疙瘩组成，每个小疙瘩都是一个肾单位，功能相当于人类的一个肾脏。

这种强大的肾脏功能使抹香鲸能够有效过滤血液中的废物，维持体内环境的稳定。此外，抹香鲸的消化系统也适应了其以乌贼、章鱼等软体动物为主食的特性，胃中能够产生特殊的消化液，帮助分解难以消化的食物残渣。