河豚的毒素主要分布在多个部位，其中卵巢、肝脏、血液、鳃、皮肤等是毒素含量较高的区域。河豚毒素（TTX）是一种强烈的神经毒素，对人类具有致命性。在河豚体内，卵巢的毒性最强，特别是在春季繁殖季节，卵巢和鱼卵的毒性达到最高。肝脏也是毒素含量较高的部位，其次是血液、鳃和皮肤。

由于河豚毒素的毒性极强，仅0.48毫克就足以致人死亡，因此在处理和食用河豚时必须格外小心。在烹饪河豚前，必须彻底去除含有毒素的内脏、眼睛、鱼鳃、鱼皮和筋血，并用清水反复冲洗，以确保安全。尽管人工养殖的河豚毒性相对较低，但仍需经过专业处理后方可食用。