水熊虫是一种生命力极其顽强的生物，但它也有一些天敌。例如线虫就是水熊虫的天敌之一。线虫体型微小，能够寄生在水熊虫体内，影响水熊虫的正常生理功能，进而对其生存造成威胁。

一些螨类也会攻击水熊虫，螨类通常会在水熊虫生活的潮湿环境中活动，它们可能会通过物理损伤或者分泌某些化学物质来干扰水熊虫。此外，其他一些小型的水生和陆生的无脊椎动物在特定环境下也可能成为水熊虫的敌人，通过争夺资源或者直接猎食等方式减少水熊虫的数量。