秋刀鱼的鱼刺较多，但以主骨和大刺为主，小肌间刺相对较少。其骨骼结构与多数鱼类相似，脊柱两侧有对称的肋骨（大刺），连接肌肉的肌间刺（小刺）分布于背部和腹部肌肉中。

由于秋刀鱼体型细长（一般体长 25-35 厘米），肌间刺的数量和长度较体型较大的鱼类（如青鱼、草鱼）更少，食用时可通过剔除主骨两侧的肌肉块，减少小刺干扰。烹饪方式也会影响刺的处理：盐烤或煎制后，鱼刺因脱水变得酥脆，可直接咀嚼；煮汤或清蒸时，需小心挑出主骨和大刺。